A hüvelyben előforduló baktériumok összetételét számos tényező határozza meg. Az egyensúlyt könnyen felboríthatja a szervezet hormonális állapota, a táplálkozás, bizonyos gyógyszerek alkalmazása, illetve egyes mosakodószerek túl gyakori alkalmazása.
A bakteriális vaginosis a hüvely leggyakoribb fertőzése, amelyet az okoz, hogy a normál hüvelyflórát alkotó lactobacillusok valamilyen okból eltűnnek, így a pH emelkedik, és a „káros” baktériumok képesek elszaporodni. Az egyetlen tünet a hüvelyfolyás felerősödése, szürkésfehér színű, halszagú váladék jelenik meg. A fertőzés kezelésére vényre kapható gyógyszert kell szednie a betegnek, valamint hüvelykrémet is kell alkalmazni.
A gombás hüvelyfertőzés is nagyon gyakori, sokszor már gyermekkorban előfordul. Ilyenkor a hüvelyváladék mennyisége jelentősen fokozódik, fehéres-sárgás színű, "túrós" jellegű. lesz. Erős viszketés, égő érzés társulhat hozzá. A kezelésre számos hüvelybe helyezhető kúp, krém, tabletta áll rendelkezésre.
Gyakran előfordul, hogy a partner is fertőződik, de neki általában nincsenek tünetei. A férfipartner krémekkel való kezelése fontos, hogy ne adhassa tovább a fertőzést.